Edyta Stein urodziła się 12 października 1891 r. we Wrocławiu jako jedenaste dziecko głęboko wierzących Żydów: Zygmunta i Augusty z domu Courant. Z licznego rodzeństwa wychowało się tylko siedmioro dzieci. Niedługo po urodzeniu Edyty zmarł jej ojciec. Rodzinny interes przejęła przedsiębiorcza matka, zmieniając go w dobrze prosperującą i uznaną firmę.
W wieku 6 lat Edyta rozpoczęła naukę w szkole, gdzie osiągała bardzo dobre wyniki. W wieku 14 lat wyjechała do starszej siostry. W czasie trwającego 8 miesięcy pobytu jej życie religijne uległo znacznemu osłabieniu. Następnie wróciła do domu i z nowym zapałem podjęła dalszą naukę w gimnazjum. Chociaż w domu gorliwie przestrzegano przepisów religii, Edyta w wieku 20 lat uważała się za ateistkę. W 1911 r. z doskonałymi wynikami zdała egzamin dojrzałości i podjęła studia filozoficzne we Wrocławiu. Dwa lata później wyjechała do Getyngi, by tam studiować fenomenologię. Zgodnie ze swoimi wielkimi zdolnościami intelektualnymi, nie chciała przyjmować nic, jeżeli nie zbadała tego gruntownie sama. Dlatego tak usilnie poszukiwała prawdy. "Poszukiwanie prawdy było moją jedyną modlitwą" - pisała później. Zafascynowana wykładami prof. Edmunda Husserla, zaczęła pisanie doktoratu. Pracę nad nim przerwał wybuch I wojny światowej.